在计算土地增值税应纳税额的时候，应当先用纳税人取得的房地产转让收入减除有关各项扣除项目金额，计算得出增值额。再按照增值额超过扣除项目金额的比例，分别确定增值额中各个部分的用税率，依此计算各部分增值额的应纳土地增值税税额。各部分增值额应纳土地增值税税额之和，即为纳税人应纳的全部土地增值税税额。
应纳税额计算公式：
应纳税额=∑（增值额×适用税率）
另有一种简便计算方法，公式如下：
一、增值额不超过扣除项目金额50%的：
应纳税额=增值额x30%
二、增值额超过扣除项目金额50%，不超过100%的：
应纳税额=增值额x40% -扣除项目金额X5%
三、增值额超过扣除项目金额100%，不超过200%的：
应纳税额=增值额x50% -扣除项目金额x15%
四、增值额超过扣除项目金额200%的：
应纳税额=增值额x60% -扣除项目金额x35%
房地产开发企业有下列情形之一的，税务机关可以参照与其开发规模和收入水平相近的当地企业的土地增值税税负情况，按照不低于预征率的征收率核定征收土地增值税：
一、按照法律、行政法规的规定应当设置账簿但是没有设置账簿的；
二、擅自销毁账簿，拒不提供纳税资料的；
三、虽然设置账簿，但是账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或者扣除项目金额的；
四：符合土地增值税清算条件，没有按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍然不清算的；
五、申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
土地增值税税额以人民币为计算单位。纳税人转让房地产取得的收人为人民币以外的货币的，应当先按照取得收入当天或者当月1日的汇价折算成人民币，然后计算缴纳土地增值税。